영농조합법인 '법인세' 환급해 준다!
농어업경영체등록확인서를 제출하지 않아 법인세를 감면받지 못한 2,700여 개 영농조합법인이 이미 납부한 법인세 약 170억 원을 돌려받을 전망이다. 국민권익위원회(위원장 유철환, 이하 국민권익위)는 세법상 부과제척기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물재배업소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해 주도록 국세청에 의견표명 했다. A영농조합법인은 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하면서 식량작물재배업 소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 과세관청에 신고했다. 과세관청은 조세특례제한법 시행령에 따라 농어업경영체등록확인서를 제출해야만 법인세 감면대상에 해당한다고 보고 이를 제출하지 않은 A영농조합법인에 대해 감면받은 세액을 추징했다. 당시 해당 법인은 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진납부했다. 반면, A영농조합법인과 같은 내용으로 법인세를 부과받은 B영농조합법인은 이에 불복해 법원에 행정소송을 제기했다. 대법원은 지난해 3월 조세특례제한법 시행령상 농어업경영체등록확인서를 제출하도록 한 규정은 조세특례제한법의 위임을 벗어난 것으로, 농어업경영체등록확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 결정해 B영농조합법인이 최종 승소했다. 국세청은
